در راستای تحقق منویات مقام عظمای ولایت، فرماندهی کل قوا و با توجه به مأموریت های محول شده از سوی هیئت دولت و ستاد کل نیروهای مسلح و به منظور برنامه ریزی منسجم و یکپارچه در امور آموزشی، پژوهشی و اشاعه ی فرهنگ علمی و عملی پدافندغیرعامل، دانشگاه صنعتی مالک اشتر با حمایت سازمان پدافندغیرعامل کشور در سال 83 اقدام به تأسیس پژوهشکده مهندسی پدافندغیرعامل کرد.
در سال 87 با پیوستن طرح فراسازمانی پدافندغیرعامل مرتبط با موسسه آموزشی و تحقیقاتی صنایع دفاعی به دانشگاه صنعتی مالک اشتر، ساختار سازمانی پژوهشکده مهندسی پدافندغیرعامل توسعه یافته و مجتمع دانشگاهی پدافندغیرعامل منطبق با الگوی واحدهای دانشگاهی کشور و مراکز آموزشی تحقیقاتی نیروهای مسلح به منظور توانمندسازی علمی و فنی در جهت تحقق اهداف و مأموریت های وزارت دفاع و نیروهای مسلح در برقراری نظام پدافندغیرعامل در کشور و به منظور ایجاد توان مقابله با حوادث و سوانح تشکیل شد.