در راستای تحقق منویات مقام عظمای ولایت، فرماندهی کل قوا و با توجه به مأموریت های محول شده از سوی هیئت دولت و ستاد کل نیروهای مسلح و به منظور برنامه ریزی منسجم و یکپارچه در امور آموزشی، پژوهشی و اشاعه ی فرهنگ علمی و عملی پدافندغیرعامل، دانشگاه صنعتی مالک اشتر با حمایت سازمان پدافندغیرعامل کشور در سال 83 اقدام به تأسیس پژوهشکده مهندسی پدافندغیرعامل کرد.

در سال 87 با پیوستن طرح فراسازمانی پدافندغیرعامل مرتبط با موسسه­ آموزشی و تحقیقاتی صنایع دفاعی به دانشگاه صنعتی مالک اشتر، ساختار سازمانی پژوهشکده مهندسی پدافندغیرعامل توسعه یافته و مجتمع دانشگاهی پدافندغیرعامل منطبق با الگوی واحدهای دانشگاهی کشور و مراکز آموزشی تحقیقاتی نیروهای مسلح به منظور توانمندسازی علمی و فنی در جهت تحقق اهداف و مأموریت های وزارت دفاع و نیروهای مسلح در برقراری نظام پدافندغیرعامل در کشور و به منظور ایجاد توان مقابله با حوادث و سوانح تشکیل شد.

* گسترش فرهنگ و توسعه  بستر تحقق برنامه های پدافندغیرعامل در جهت برطرف کردن شکاف فناوری
* افزایش کیفیت، کارایی و اثر بخشی فعالیت های علمی و تحقیقاتی در حوزه ی پدافندغیرعامل
* برقراری فضای مناسب نوآوری و بروز خلاقیت
* توسعه ی توانایی علمی و پژوهشی در علوم آمایش سرزمین و پدافندغیرعامل
* ایجاد توانایی های لازم برای اجرای طرح های بزرگ پژوهشی و تحقیقاتی
* معماری طرح های پژوهشی پدافندغیرعامل و تقویت بنیه ی کارشناسی
* دیدبانی مستمر و شناخت تهدیدات ملی
* مدیریت و راهبری طرح ها و پروژه های ملی  
* توسعه فناوری های نوین پدافندغیرعامل در تعامل نخبگان و شرکت های دانش بنیان 

* طراحی، نظارت و اجرای طرح های حوزه پدافندغیرعامل
•  مطالعه و پژوهش در زمینه های مرتبط با پدافندغیرعامل
•  برقراری ارتباط علمی و فنی و ایجاد فضای مناسب تعلیم و تربیت و ارتقاء علمی پژوهشگران
•  مدیریت طرح ها و پژوهش ها در بخش های پدافندغیرعامل
•  طراحی و برقراری سامانه های جمع آوری  اطلاعات، تجزیه، تحلیل و ارائه راهکارها و ایجاد بستر بازنگری مستمر اطلاعات  

* آموزش و تربیت نیروی انسانی متخصص در حوزه پدافند غیرعامل    
•  برقراری نظام آموزشی حین خدمت
•  تدوین و اجرای دوره های آموزش بلند مدت
•   تعامل با مراکز علمی پژوهشی داخل و خارج از کشور و بهره برداری متقابل از ظرفیت های علمی، طبق ضوابط و مقررات
•  طراحی و تنظیم دروس تخصصی عمومی پدافند غیرعامل و برنامه ریزی آموزشی آنها

* آینده پژوهی، جهت آشنایی با پیشرفت های علمی و فناوری در حوزه مهندسی پدافندغیرعامل و پایش مستمر آن
• دیده بانی مستمر تهدیدات، فناوری های روز و بررسی سناریوهای مختلف تهدید و ارائه راهکارهای مناسب
•  شناخت تهدیدات ملی در حوزه پدافندغیرعامل
• شناسایی بحران ها و انجام تحقیقات و پژوهش در ابعاد و روش های مدیریت بحران
• ایجاد فرصت های نوآوری و خلاقیت در پدافندغیرعامل
• ایجاد فن آوری های نوین چند سطحی در حیطه حفاظت از زیر ساختهای حیاتی و پدافندغیرعامل

* انجام مطالعات راهبردی در حوزه مهندسی پدافندغیرعامل
• تدوین و پیاده سازی استاندارد های دفاعی در حوزه پدافندغیرعامل
• راهبری طرح های نظارت بر روند استقرار سرمایه های ملی
• مدیریت و راهبری طرح ها و پروژه های ملی در حوزه پدافندغیرعامل
• تهیه و تدوین استانداردها و دستورالعمل ها  در حوزه پدافندغیرعامل

* ارتباط مستمر با صنعت
• برگزاری سمینارها،  همایش ها، هم اندیشی ها و  نشست های تخصصی  
• برقراری نظام مند شناسایی و بکارگیری توانمندی های علمی پژوهشی دانشگاه ها و مراکز آموزش عالی نیروهای مسلح و کشور
• ایجاد ارتباط علمی و فنی و فضای مناسب تعلیم و تربیت نیروهای متخصص
• طراحی ، تهیه و انتشار نشریات علمی، کتب و گزارشهای فنی

* ساختار سازمانی پویا و یادگیرنده متناسب با نیازمندی های روز و شرایط خاص
• برقراری فضای مناسب نوآوری و بروز خلاقیت
• تأسیس، راه اندازی، مدیریت آزمایشگاه های تخصصی مرجع آموزشی و پژوهشی متناسب با نیازها، در حوزه های مرتبط و ارائه خدمات آزمایشگاهی مورد نیاز دفاعی و سایر مراکز
• توسعه ی توانایی سازمان در جهت تهیه و تولید سریع نیاز کاربران در علوم پدافندغیرعامل
• ایجاد بانک های اطلاعاتی


بکارگیری مؤثر و کارآمد کلیه امکانات در اختیار به کمک پرورش تمامی ایده¬ها، انجام ‌پژوهش¬ها، کسب دانش¬های جدیدو استفاده از علوم و تجربیات از طریق هدایت، ‌ساماندهی،‌ توسعه،‌ تبلیغ، ترویج و‌ فرهنگ سازی ‌برای تولید، اشاعه، آموزش، پژوهش و ارایه مشاوره و در نهایت نهادینه¬سازی دانش بنیان در حوزه پدافندغیرعامل، براین اساس اهداف و وظایف كلان مجتمع بشرح زیر تعریف شده اند:
•    شناسایی، الگوبندی و دیده¬بانی علمی و مستمر در جهت رهبری ایده¬ها، پایان نامه¬ها، طرح¬ها و پروژه-های پژوهشی و آموزشی در حوزه پدافندغیرعامل و انواع بحران¬ها و تهدیدات.
•    مطالعه، تعریف، جذب و اجرای پروژه های تحقیقاتی در حوزه پدافندغیرعامل
•    تهیه، تدوین، تولید و ترویج یافته های علمی و آموزشی (اعم از دستورالعمل ها، قوانین و مقررات، آیین نامه ها، استانداردها و راهنما ها و ...)پدافندغیرعامل درسطح کشور
•    انجام طرح ها و پروژه¬های آمایش،‌ پهنه بندی و مکانیابی از منظر پدافندغیرعامل.
•    تهیه، تدوین، تولید و تصویب و اجرای دوره های آموزشی تحصیلات تکمیلی (اعم از حضوری، نیمه حضوری، مجازی و ...) در حوزه پدافندغیرعامل و در تعامل با وزارت علوم تحقیقات و فناوری.
•    تجهیز و توسعه مجتمع از منظر سخت افزاری، نرم افزاری و مغز افزاری با هدف تبدیل به مرجع علمی و آموزشی و آزمایشگاهی در کشور در حوزه پدافندغیرعامل.
•    راه اندازی، تجهیز، توسعه و حمایت از موسسات آموزشی، تحقیقاتی و آزمایشگاهی در حوزه پدافندغیرعامل.
•    تهیه، تدوین، تولید، تصویب و اجرای دوره های آموزشی کوتاه مدت و تخصصی، سمینارها و همایش ها در حوزه پدافندغیرعامل.
•    ارایه مشاوره و راهبرد علمی و آموزشی به کلیه دستگاه های دولتی و خصوصی اجرایی، تحقیقاتی و آموزشی در حوزه پدافندغیرعامل
•    هدایت و نظارت راهبردی علوم مرتبط با پدافندغیرعامل با هدف فرهنگ سازی و نهادینه نمودن این علوم در کشور
•    آینده پژوهی و دیده بانی خلاقانه و مبتکرانه حوزه پدافندغیرعامل در راستای وظایف مجتمع