برنامه ریزی ،ارزیابی و نظارت در انجام پروژه ، سبب استفاده بهینه از منابع سازمان و افزایش بهره وری خواهد شد جهت دست یابی به این مهم ، دو دسته فعالیت عمده در این مدیریت صورت می پذیرد.

الف- برنامه‌ریزی پژوهشی

1- تشکیل کانون‌های تخصصی به منظور تهیه اسناد راهبردی و نقشه راه در حوزه‌های علم و فناوری مورد نیاز

2- تهیه برنامه پژوهشی 5 ساله با توجه به اسناد راهبردی

3- تهیه برنامه پژوهشی سالانه، دفاع در مراجع ذیربط و پیگیری تصویب و ابلاغ آن

4- ابلاغ برنامه پژوهشی مصوب هر مجتمع به تفکیک سرفصل‌های مختلف اعتباری

5- پیگیری دریافت اعتبار برنامه مصوب پژوهشی از مراجع ذیربط و واگذاری به مجتمع بر اساس میزان پیشرفت تایید شده

6- دریافت گزارش عملکرد پژوهشی از مجتمع‌ها و تهیه گزارش‌های درخواستی از مراجع بالادستی

ب- ارزیابی و نظارت پژوهشی

1- بررسی پروپوزال پروژه‌های پیشنهادی

2- انعقاد قرارداد برنامه‌های مصوب پژوهشی با مجتمع‌های دانشگاهی

3- نظارت بر اجرای قرارداد پروژه‌های پژوهشی و تایید میزان پیشرفت

4- بررسی و اظهار نظر در خصوص واگذاری پروژه به محققین و برون‌سپاری پروژه‌های پژوهشی